Yo pienso que el dolor en reptiles es algo secundario, por supuesto que sufren, pero no del mismo modo que un mamifero por ejemplo, sino, de que ivan a dejar que un grillo les mordisquee o ivan a tostarse bajo el spot como chuletas a la brasa...
De todas formas antes de meterlo en el congelador lo suyo es meterlo a la nevera a unos 8º, asi quedaran( la mayoria de especies) practicamente inconscientes y despues al congelador, si los metemos directamene al congelador imagino que primero se congelarian las extremidades y quizas antes de perder la consciencia, con lo que imagino que les dolera.
De todas formas no son mas que suposiciones, ademas que cuando decidimos sacrificar en la mayoria de los casos no tienen ya fuerzas casi ni para respirar, con lo que mas que sufrimiento seguramente note alivio....yo lo sentiria.