Hace cuanto tiempo la tienes? Qué edad tiene la iguana? Tienes otros animales a parte de la iguana?, porque puede ser que en caso de que tengas se estresen al ver por ejemplo a un perro ladrando..

Esto le pasa solo a partir del medio día?

De cualquier modo, prueba a sacarla y dejarla que explore en tu habitación contigo presente claro, acariciala y tranquilizala, luego vuélvela a meter en el terrario a ver si así se tranquiliza.

no es madurez sexual lo que le esta pasando a tu iguana, ya que una iguana verde alcanza la madurez sexual entre los 3 y los 4 años.

Lo mas probable es que el terrario o el ambiente en donde está esta muy encerrado, lo que provocaría una alta temperatura y un bajo nivel de humedad. La alta temperatura en el ambiente causa estrés y agresión en los lagartos (no solo a las iguanas, sino también a los dragones barbudos, dragones de agua chino, ecx...).
Yo te recomendaría hacer lo mas refrescante posible el terrario y el ambiente donde se ubica: alejar un poco mas la luz infrarroja calefactora (si tienes), o si tienes un termómetro especial para reptiles bajarle un poco (NO MUCHO, muy importante) la temperatura, Si tu habitación tiene ventanas (no importa el tamaño) abrirlas todo el día y cerrarlas de noche, pulverizar un poco mas seguido el terrario (o si tienes un sistema automático de lluvias, ponerlo a humedecer el terrario un poco mas seguido) y bañarla una vez al día (como mínimo) en la bañera o en un recipiente con agua tibia (ni fría ni caliente). Si es su primera vez bañándose, no es por interferir por tu método de cuidado sino mejorarlo, pero es muy mal de tu parte ya que el baño semanal en las iguanas los mantienen frescos, limpios, brillantes y lo que mas queremos: tranquilos. Pero sino, la cuidas muy bien y hasta podrías hacer un tema en este foro de como cuidar iguanas verdes ya que la mayoría de ellas que viven como mascotas mueren en cuestión de sus primeros meses en sus nuevos hogares.
Se que lo que te recomiendo es algo extenso y agotador, pero estas cosas hay que hacerlas seguidamente y día por día ya que son mascotas exóticas. Si ya resolviste el problema, no importa, porque te puede servir en otro momento ya que es muy común y repetitivo este comportamiento, ademas si quieres o si tienes otra iguana y tiene el mismo problema ya sabes lo que tienes que hacer.
Te digo que me pasó lo mismo cuando recibí como obsequio de un amigo una cría de dragón de agua chino, hice lo que te dije en los días que se ponía muy agresivo y ahora es un gran compañero.

Espero que te haya ayudado   

De nada