Por esa razón se suelen hacer los desagües en los terrarios, hay gente que los hace con un poco de inclinación para que el agua caiga por un pequeño agujero. Yo en mi caso para evitar esto tengo puesto un cubo, que además de recoger el agua del goteo, cuando lo retiro puedo ver si en el fondo del terrario sobre agua o no, si sobra la quito con una esponja por ejemplo.

Si tu terrario es más pequeño puedes usar este mismo método pero usando un taper pequeño o una lata, espero que te ayude!